Im Deutschen Reich unter Bismarck’scher Prägung wurde dem Trierer Bischof eröffnet, „..dass man das theologische Studium am hießigen Priesterseminar nicht für geeignet erachte, das Universitätsstudium zu ersetzen, und deßhalb die staatliche Anerkennung nicht ertheile.“ Insbesonders die vom strengen Jesuitenorden geprägten Priester waren Bismarck ein Dorn im Auge.

Trotzdem wurde Schmitz vom Trierer Bischof als Kaplan in Cues eingesetzt. Kaum hatte Schmitz seinen Dienst angetreten, kam prompt das amtliche Verbot durch den Kultusminister, und die Gehaltszahlung wurde eingestellt. Da er im Volke sehr beliebt war, erhielt er von ihm kostenlose private Unterkunft und Verpflegung. Heimlich erteilte er Religionsunterricht und hielt auch ebenso geheim die Messe. Näherte sich ein Gendarm, wurde ihm ein Zeichen gegeben, und die Kirche wurde schnell geschlossen. Die List fiel auf, und er wurde zu einer Geldstrafe und mit Arrest bestraft. Nach seiner Entlassung aus dem Gefängnis läuteten in Bernkastel und in Cues alle Glocken und es erdröhnten Böllerschüsse. Die Stimmung der Behörde wurde gereizt.

Auf Drängen der Bürger verrichtete Schmitz seinen Dienst weiter. Er wurde daraufhin aufgefordert, innerhalb von 48 Stunden den Regierungsbezirk Trier zu verlassen. Schmitz aber schlupfte unter, bis er von 3 Gendarmen festgenommen und unter ungeheurer Aufregung der Bevölkerung ins Bullesje (Landgefängnis) gebracht wurde. Hier blieb er 16 Tage und hatte daselbst den Trost, in aller Stille zwölfmal die hl. Messe feiern zu können, was der gutmütige Gefängniswärter heimlich so billigte. Ansonsten ging es ihm im Gefängnis sehr schlecht, was die Bevölkerung empörte. Es bildete sich die „Cuser Verschwörung“, die ihn gewaltsam aus dem Gefängnis befreien wollte. Daraufhin wurde er in ein Trierer Gefängnis verlegt, was ein Trunkenbold vornehmen sollte. Als dies der Gefängniswärter erfuhr, brachte er Schmitz selbst nach Trier. Nach Beendigung der Haft wurde er „..polizeilich nach Schmidtheim b. Aachen abtransportiert.“ Schließlich wanderte Schmitz nach Bayern aus. Auf seiner Reise dorthin besuchte er heimlich mitten in der Nacht, bei Wind und Wetter, seine Familie in Neef.

In Würzburg wurde er wohlwollend aufgenommen und in der Studentenseelsorge beschäftigt. Er errang schnell eine solche Achtung, dass Preußen die Auslieferung des inzwischen steckbrieflich gesuchten „Cuser Kaplanes“ beantragte, was der Bayerische Staat strikt ablehnte.

Schmitz wurde Redakteur der katholischen „Würzburger Volkszeitung“ – und des „Bamberger Volksblattes“. So konnte er von Bayern aus hemmungslos gegen die Bismarcksche Politik Stellung nehmen.

Als der sogenannte Kulturkampf abflaute, konnte er letztendlich wieder in heimatliche Gefilde zurückkommen. Er war Pfarrer in Halsenbach und danach in Kell. Von einer schweren Krankheit gezeichnet, kam er schließlich in seinen Heimatort Neef zurück, wo er am 10. Mai 1909 verstarb und auf dem Neefer Petersberg seine letzte Ruhestätte fand.