Er wurde1492 als Sohn des Ritters Heinrich von Metzenhausen und der Margaretha Boos (Boosin) von Waldeck im Burghaus zu Neef geboren. Außer diesem Sohn hatte das Ehepaar noch vier Söhne und zwei Töchter.

Johann sollte vermutlich die Aufgabe eines Amtmannes von seinem Vater Heinrich übernehmen, da er bereits mit dem Schloss und dem Halben Gericht zu Neef belehnt war. Offenbar entschied er sich jedoch für eine kirchliche Laufbahn.

Seine erste Ausbildung hatte Johann im Hause des Pfalzgrafen Friedrich, Archidiakons von Trier und war dann 1517 Domdechant und 1519 Domprobst von Trier geworden.

Er war schon als junger Mann mit dem Ideengut der Reformation in Verbindung gekommen, da ihn das Domkapitel beauftragt hatte, den damaligen Trierer Erzbischof Richard von Greiffenklau-Vollrad auf den Wormser Reichstag 1521 zu begleiten. Im Auftrag des Kaisers und der Kurie hatte der Trierer Kurfürst Richard Luther zu verhören und ihn zum Widerruf seiner Lehre aufzufordern. Luther verteidigte jedoch bekannter Weise standhaft seine Ansicht und Lehre.

Im Jahr 1530 vertrat er den gesundheitlich angeschlagenen Erzbischof Richard von Greiffenklau-Vollrad auf dem Reichstag in Augsburg. Auf diesem ging es um den Bestand des Reichs von Kaiser Karl V. Dieses Reich drohte zu zerbrechen, da der Glauben durch Luthers Kritik gespalten war.

1532 wurde er einstimmig vom Trierer Domkapitel zum Erzbischof und Kurfürsten des Erzbistums Trier gewählt.

Er hielt sich von Anfang an an das vorläufige Stillhalteabkommen zwischen den kirchlichen Parteien, gemäß dem „Nürnberger Religionsfrieden“. Mit evangelischen Obrigkeiten arbeitete Johann III. in der Reichspolitik gern zusammen. Es ist nicht bekannt, dass er Untertanen wegen ihres evangelischen Glaubens benachteiligte. Dagegen entdeckte er reformbedürftige Missstände in seiner eigenen Kirche, die einer Reform bedurften.

Im Jahr 1538 schlug der Trierer Erzbischof den Abschluss eines umfassenden Abwehrbündnisses vor. Dies war der Hintergrund der Verhandlungen Johanns mit dem protestantischen Schmalkaldischen Bund im November 1539, mit denen er den kaiserlichen Absichten entgegenwirkte, ein katholisches Gegenbündnis zu schaffen. Sein Ziel war es, ohne Papst und Kaiser unter Beibehaltung der alten Religion und ohne Unterschied der Bekenntnisse zu einem Ausgleich zwischen der alten Kirche un den Anhängern Luthers zu kommen.

Im Sommer des Jahres 1540 nahm Johann von Metzenhausen am Religionsgespräch mit protestantischen Fürsten in Hagenau im Elsass teil. Dieses fand unter dem Vorsitz des Königs Ferdinand statt. Die Zusammenkunft blieb aber ohne Ergebnis. Ein neues Gespräch zu einem späteren Zeitpunkt wurde angesetzt. Es war Hochsommer, als die Versammlungsteilnehmer wieder heimwärts ritten. Die Witterung war während der ganzen Zeit unerträglich; große Dürre lastete auf dem Land. Kurfürst Johann fühlte sich nicht wohl, als er mit seinem Gefolge durch das Dahner Tal zog, um die Burg Tanstein zu erreichen. Kaum war er im Burghof abgesessen, als er zusammenbrach. Ein Schlaganfall führte seinen schnellen Tod herbei. Er wurde im Trierer Dom beigesetzt.

Eine besondere Aufmerksamkeit von Johann III. galt also der kirchlichen Reformation. Als Landesherr war er stets um einen Ausgleich zwischen der alten Kirche und Luthers neuer Lehre bemüht. Zusammen mit Hermann von Wied, Erzbischof von Köln, erwog er reformatorische Maßnahmen. Dessen früher Tod verhinderte jedoch die Einführung der Reformation in Kurtrier. Tatsächlich hatte Hermann von Wied versucht, im Erzstift Köln die evangelische Lehre einzuführen, was dann 1547 zu seiner Absetzung führte. Es kann vermutet werden, dass Johann von Metzenhausen ähnliche Pläne im Erzbistum Trier hatte, was jedoch nicht nachweisbar ist.

Wenige historische Ereignisse haben nachhaltig so viel verändert wie die Reformation. Sie hatte tiefgreifende Auswirkungen auf sehr viele Bereiche des Lebens und hinterließ weltweit Spuren, die auch 500 Jahre danach noch sichtbar sind. Und in ihrer Entstehungsphase zeigte Kurfürst und Erzbischof Johann III. kluges Verhalten und ließ durchaus auch eine Kompromissbereitschaft erkennen.

Zu Lebzeiten Johanns von Metzenhausen schrieb der Trierer Universitätsprofessor Justinus Gobler an seinen Freund Erasmus von Rotterdam über den Kurfürsten: „Er heißt Johannes und ist ein Mann mit offenen Zügen, hünenhafter Gestalt, leutselig, lebhaft, von hellem Geist, mild und maßvoll in seinen Gebaren. Man möchte ihn einen zweiten Salomon nennen, so friedliebend ist er. Seine geistige Überlegenheit ist nicht leicht durch irgendeine Schwierigkeit aus der Fassung zu bringen. Er ist unmöglich zu schildern, wie er allen Dingen kraft seiner Klugheit dem Staatswohle zu dienen weiß …“.